HDD(ハードディスク)は円盤状の磁気媒体へデータを保存します。磁気媒体は同心円状に区切られ、更にその中がセクタという一定の容量のエリアに分割されています。
データの書き込みや消去などを頻繁に繰り返すと、最初は整然と書き込まれていたものが、断片化されてきます。書き込みの際に、そのファイルが入る連続領域を探してから書き込むのではなく、空領域を探して書き込み始めるので、１つのファイルが複数の離れたセクタに分散して書き込まれている形になります。
こうなってくると、データを読み書きする際に、ヘッダが非常に無駄な動きを多くするようになり、読み書きの速度の低下とともに、ハードディスクの寿命低下の原因となります。
この断片化をフラグメンテーションと言い、断片化を修復することをデフラグメンテーション（デフラグ）と呼びます。デフラグでは、断片化され、分散して保存されたデータを連続領域に書き込むよう、再度きれいに並べて保存して行きます。
デフラグを定期的に行うことで、ヘッドの無駄な動きが少なくなり、速度向上とハードディスクの寿命向上の一挙両得となります。
デフラグはコンピュータに付属のもの、あるいは販売されているツールなどを使い行うことができます。お使いのコンピュータのOS等によっても異なるので、検索してみてくださいね。